La cuenca del río Jubones está ubicada en la vertiente occidental de la Cordillera de los Andes con una orientación Este – Oeste. Sus aguas drenan en una cuenca de 4.362 km2 desde la Cordillera Occidental al oeste de Nudo del Portete, en el cerro denominado Fierro (4.137 m s.n.m.) hasta su desembocadura en el Océano Pacífico. Presenta una longitud de cauce de 180 km, constituyéndose la sexta cuenca más grande de la vertiente Occidental y la décima segunda a nivel nacional.