Para el caso del proyecto la Unión, La cuenca del Jubones presenta una orientación Este – Oeste; está conformada sobre un basamento de terrenos oceánicos alóctonos asociados con una variedad de rocas sedimentarias como el flysh turbidítico de la formación Yunguilla (Cretáceo superior) y las unidades detríticas del grupo Angamarca (Paleoceno-Eoceno). En esta porción de la cordillera Occidental afloran también rocas volcánicas intermedias a acidas del grupo Saraguro, y volcánicos intermedios pliocénicos a recientes. Un bloque de rocas metamórficas de bajo grado de metamorfismo y una intrusión de granodiorita completan el cuadro geológico de la cuenca.

El sitio de la presa se ubica en una zona entre los esquistos micáceos, las rocas volcánicas del curso medio del río Jubones y el intrusivo diorítico.

El túnel atraviesa rocas volcánicas, intrusivas y metamórficas profundamente meteorizadas en el orden decamétrico.

Mientras que para el caso del proyecto Minas, en el área del embalse afloran las formaciones sedimentarias. El grupo Ayancay comprende conglomerados rojizos, areniscas, limolitas y lutitas, con escasos horizontes de tobas; se halla fuertemente plegado, con un buzamiento preferencial de 30o-21o en dirección S80oE; el grupo se ha depositado en fuerte discordancia angular con la formación Uchucay que contiene arenas finas, conglomerados amarillos. La formación Santa Isabel está compuesta por lavas y brechas tobáceas andesíticas, y una secuencia de lulitas tobáceas amarillas, cubierta por conglomerados tobáceos rojos y tobas finas.

La información geológica y geotécnica del sitio de presa está muy bien respaldada ya que ha sido objeto de estudios detallados considerando el tipo de presa de escollera. Este sitio está caracterizado por rocas volcánicas de gran calidad de la formación Jubones, constituidas por tobas riolíticas.